قانون الجهاز المعمول به حاليا: قانون الجهاز المركزي للرقابة والمحاسبة الصادر بالقرار الجمهوري رقم 39 لسنة 1992م بالإضافة الى عدد من النظم و اللوائح الصادرة لتنظيم و إدارة أعمال الجهاز اهمها:

- اللائحة التنفيذية لقانون الجهاز.

- نظام الاستعانة بالمحاسبين القانونيين.

- نظام الأتعاب المهنية.

- لائحة الإيفاد الداخلي و الخارجي

- لائحة تنظيم صندوق الرعاية الاجتماعية لا عضاء الجهاز.

- القرارات بإعتماد المعايير المهنية المتعارف عليها في مجال المحاسبة و المراجعة.

- دليل الضبطية القضائية.

- قرارات بتنظيم مستويات رقابية.

- نظام الحوافز الفصلية.